这种“雇佣军模式”带来的直接副作用是：项目选择方向的失衡和错位。站在科研单位角度，其对主要领域的发展方向和路线选择缺乏决定权，自身也没有足够资源布局。“有时单位想上的项目没有被批准，不太想上的反而被批准了，感觉项目能否被批准有相当大的随机性，所以干脆就把所有想做的、不想做的，着急的、不着急的项目都一口气报上去，看哪个能中。这就是为什么基础研究多年来的经费使用效益低下，因为选题并不是最好的，只能出小成果，出不了真正有价值的成果。”前述基础研究所所长说。

　　在黄令仪等芯片人的不懈努力下，“龙芯3号”等一大批国产高性能芯片应运而生，在很多领域发挥作用：复兴号高铁实现了100%的国产化；歼20等先进军事装备，配套了相控阵雷达，换上了中国自己的“心脏”；北斗卫星也装上了中国芯，彻底打破了西方的技术封锁。

　　中国科学院院士、中国科学院古脊椎动物与古人类研究所研究员周忠和负责的“克拉通破坏与陆地生物演化”成为2016年首批获得该项资助的三个项目之一。他对《中国新闻周刊》说，该项目经费管理比较宽松，但问题是这种项目太稀缺了，这虽然是一种稳定支持的模式，但本质上仍是一类竞争性很强的项目。庄辞也认为，这类项目支持的比例非常小，仍是面向极少数人，目前竞争已趋白热化。