“数字家蚕”共享分析平台上线 面向全球科学家开放

来源: 南风窗
2024-07-07 15:17:23

  中新网重庆11月23日电 (记者 钟旖)记者23日从西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室获悉,该实验室代方银教授团队日前正式上线“数字家蚕”共享分析平台(SilkMeta)。作为迄今涵盖数据类型最全、数据量最大的家蚕组学数据库,面向全球科学家开放。

  据介绍,“数字家蚕”共享分析平台(SilkMeta)全称为“家蚕泛基因组和多组学数据分析平台”,整合了家蚕泛基因组及多组学数据,将具有上千个种质资源的线下实体基因资源库,转化为组学序列线上数据库,实现“数据共享”。这也是继2022年该团队发布家蚕超级泛基因组图谱后,中国科学家推动创建“数字家蚕”取得的又一重大进展。

  代方银介绍,在现代蚕学研究和育种实践中,家蚕泛基因组及多组学数据已经成为科学家手里不可或缺的基础资源,合理使用可大大缩短研究和育种的时间,显著提高工作效率。但这些数据的分析利用,对一般用户来讲,具有较高的技术壁垒,成本也很高。

  “我们可以把‘数字家蚕’共享分析平台比喻为一部智能、高效的家蚕基因‘数字字典’或‘超级图书馆’,研究人员能在这里快速获取家蚕基因组相关信息。”实验室博士后陆昆鹏表示,平台整合了家蚕泛基因组、转录组、变异组、表型组等多组学数据和功能基因研究数据,并提供开展比较基因组和功能基因组等方面研究的分析工具。目前,平台已涵盖丰富的数据内容,包括1082个二代测序基因组、546个三代测序基因组、5000多万个基因组变异、1168个转录组、294种家蚕质量性状基因型特征、123个非编码RNA测序数据以及单细胞转录组、甲基化测序数据、免疫共沉淀测序数据等。

  2022年10月,代方银团队完成家蚕大规模种质资源基因组解析,成功绘就世界上首张家蚕超级泛基因组图谱,率先实现家蚕基因库数字化,创建“数字家蚕”。此次“数字家蚕”共享分析平台的上线,代表着西南大学家蚕基因研究从“技术领跑”转变为“数据共享”,全球科学家都能在该平台获得基因数据,实现种质资源基因组、遗传变异及表型的开放共享和可视化、便利化分析。

  “这是我们发展道路上里程碑式的成果,希望通过数据共享,进一步推动家蚕基因研究,让人与自然协调发展。”中国工程院院士、西南大学蚕 学与系统生物学研究所所长向仲怀表示。(完)

  从环比看,PPI由上月上涨0.1%转为下降0.5%。生产资料价格由持平转为下降0.6%;生活资料价格由上涨0.1%转为下降0.2%。国际原油价格下行带动国内石油及相关行业价格下降,其中石油和天然气开采业价格下降8.3%,石油煤炭及其他燃料加工业价格下降3.5%。金属和煤炭价格有所上涨,其中有色金属冶炼和压延加工业价格上涨1.1%,黑色金属冶炼和压延加工业价格上涨0.4%;煤炭开采和洗选业价格上涨0.8%。此外,农副食品加工业价格由上涨0.7%转为下降1.0%;计算机通信和其他电子设备制造业价格由上涨0.3%转为下降0.2%;医药制造业价格由持平转为上涨0.2%。

  “我几乎每年都来三亚,今年明显比去年热闹,感觉回到了2019年的时候,民宿爆满、酒店涨价,三亚的热闹又回来了。”今年元旦,刘伟(化名)从北京前往海南三亚开始了一场“疗愈之旅”。

  六是倡导接种疫苗。高龄老人免疫力低、体质弱,是新冠病毒的易感人群。从目前的临床救治情况看,接种新冠疫苗是预防新冠病毒感染、降低新冠病毒重症的有效办法。符合疫苗接种条件、没有接种禁忌的人群,提倡应打尽打,尽快接种“第四针”疫苗。

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  20天来,孙志伟烤了30多只整羊。“今年腊月格外忙碌,这都是长城带来的福气。”孙志伟说,他和妻子盘点计算,春节前,一家人将会有一笔可观的收入。

  史梅玲说:“之前,我并不是特别了解政协协商,在担任政协委员后,才发现政协协商是有一套非常规范、科学的制度化流程。现在,我们每次在开展基层协商议事时都力求更加规范化、科学化,有力保障了协商议事成果的有效转化。”

赵佳颖

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