这种“雇佣军模式”带来的直接副作用是：项目选择方向的失衡和错位。站在科研单位角度，其对主要领域的发展方向和路线选择缺乏决定权，自身也没有足够资源布局。“有时单位想上的项目没有被批准，不太想上的反而被批准了，感觉项目能否被批准有相当大的随机性，所以干脆就把所有想做的、不想做的，着急的、不着急的项目都一口气报上去，看哪个能中。这就是为什么基础研究多年来的经费使用效益低下，因为选题并不是最好的，只能出小成果，出不了真正有价值的成果。”前述基础研究所所长说。

　　但就因为中国高级外交官在法国某电视台与人辩论时说了些什么，就引起美西方一些反华舆论沉渣泛起。更兼诸如立陶宛外长兰茨贝尔吉斯之流在边上添油加醋编排中国，导致外界颇为怀疑一点——

　　“现在来看，2020年实现学术产出总量并行的目标已经实现了，但当时还有一个期望，即投入到基础研究的资源可以与欧美大体相当，后来这点没能完全实现。2030年实现贡献并行目标预计会有一定的难度，当初预测时对全球科研合作的预测显得过于乐观，对2050年实现源头并行目标也还要再观察才能判断。”杨卫说。